Akarsular genellikle Anadolu’nun etrafını çevreleyen denizlere dökülür. Bir kısmı ise sınırları geçtikten sonra diğer denizlere ulaşır. Güneydoğu Anadolu’nun iki büyük nehri olan Dicle, Fırat nehirleri Basra Körfezine dökülür. Doğu Anadolu’nun önemli akarsuları Aras, Kara Murat ve Çoruh’tur. Karadeniz’e dökülen Yeşilırmak, Sakarya, Kızılırmak, Orta Anadolu’nun büyük nehirleridir. Ayrıca Harşit, Melet, Bartın, Filyos gibi küçük akarsular da Karadeniz’e dökülür.
Susurluk, Biga ve Gönen çayları Marmara’ya; Gediz, Küçük ve Büyük Menderes Ege denizine dökülür. Seyhan, Ceyhan ve Göksu ırmaklarından başka da Dalaman, Eşen çayları Akdenize dökülür.
Göller: Doğu Anadolu’daki Van Gölü 3713 kilometrekare yüzölçümüyle Türkiye’nin en büyük gölüdür. Van Gölünün doğusunda Erçek ve Kars’ın kuzeyinde Çıldır gölleri yer alır. Güneydoğu Toros bölgesinde Hazar Gölü, daha güneyinde Hatay’a yakın Amik gölleri bulunur. Orta Anadolu’daki Tuz Gölü 1500 kilometrekarelik yüz ölçümü ile Anadolu’nun ikinci büyük gölüdür. Bu bölgedeki pekçok gölden en önemlisi Akşehir Gölüdür. Batı Torosların iç taraflarında ise Beyşehir, Eğridir ve Burdur gölleri yer alır. Sapanca, İznik, Polyont ve Manyas ise; Marmara bölgesinin en önemli gölleridir.
Son yıllarda barajların yapılmasıyla oldukça büyük baraj gölleri meydana gelmiştir. Bunlardan Keban, Karakaya, Atatürk, Demirköprü, Hirfanlı, Sarıyar, Seyhan önemlidir.