Din ile bilim arasında çatışma olduğunu iddia eden birisinin ya din anlayışında ya da bilime bakışında bir problem var demektir. Bilim faaliyetlerini dış dünyada yani doğada gerçekleştirir. Doğa ise yüce Yaratıcının üstün sanatını sergilediği bir meydandır. Newton gibi önde gelen pek çok bilim insanının da dikkat çektiği gibi Allah hakkında bilgi edinmenin iki yolu vardır ki, bunlardan ilki kutsal kitaplar, diğeri ise doğadır. Tarih boyunca bilim insanı yerine daha ziyade doğa filozofu olarak isimlendirilen araştırmacı ve düşünürler, doğadan yaptıkları gözlemler neticesinde tüm bu uyum ve mükemmelliklerin bir var edeni olması gerektiği gerçeğinden hareketle doğayı ilahi sanatın açığa çıkarıldığı bir laboratuvar olarak görmüşlerdir. Evren ile insanın yaratılışında uyumsuzluk olmasının söz konusu edilemeyeceği inancından hareketle de insanı, evrenin amacı şeklinde konumlandırmışlardır.
18 yüzyıla gelindiğinde Fransız ihtilalinin de etkisiyle gerek siyasi, gerekse toplumsal anlamda özellikle birtakım en telektüeller arasında din ile bilimin çatışma içinde olduğu ve dinin, bilimin ilerlemesinin önündeki engel olduğu yönünde yaklaşımların ortaya çıktığı görülür. Ancak bir gerçek vardır ki, bu da söz konusu kanaatin bilimsel verilerin ortaya koyduğu bir gerçek olarak değil, aksine çeşitli ideolojik gerekçelerle bilimi dinin karşısında konumlandırma endişesiyle ortaya atılmış olduğudur.
Yukarıda da ifade edildiği gibi söz konusu edilen bu suni çatışma iddiasının daha ziyade 18. ve 19. yüzyılda ortaya çıktığı ve günümüze kadar gelen süreç içinde seküler hayat ve bilim anlayışının bir sonucu olarak da varlığını sürdürdüğü görülür. Bir manada bilimi doğaüstüne kapama, yani doğaüstü herhangi bir şeyin var olmasının söz konusu edilemeyeceği ön kabulünü bilime dayatma anlamına gelen bu anlayış ile esasen bilime çok büyük bir darbe vurulmuştur. Çünkü bir bilim insanı gerek zihinsel, gerekse bilimsel faaliyetlerini ön kabullerden ve şartlanmalardan uzak ve objektif bir şekilde sürdürmeli ve karşılaştığı sonuçları, inançları ne olursa olsun açıklamalıdır. Ama ne yazık ki günümüzde bir kısım bilim insanları, bilime giydirdikleri doğalcılık gömleğini bilimin objektifliği sayıyor ve bilimsel faaliyetlerini doğaüstüne kapatıyorlar. Bu anlayış ise adeta bilimsel bir dogma gibi bilimin gelişmesi ya da daha anlaşılır kılınabilmesinin önünde engel oluşturuyor. Çünkü örneğin bir bilim insanı faaliyetleri sonucunda doğaüstü birtakım unsurlarla karşılaşırsa bunu yok saymak veya görmezlikten gelmek zorunda kalıyor. Bu ise bilim yapmak ya da bilimin genel tanımı itibariyle gerçeğe ulaşmak değil ideolojik kabulleri bilime dayatarak bilimcilik yapmaktır.
19. ve 19. yüzyıllarda insanların özellikle mikro ve makro seviyedeki bilimsel bilgileri oldukça yüzeyseldi. Hatta kimi çevrelerce gerek evrenin, gerekse insan ve canlıların tarih boyunca dinler tarafından savunulduğu gibi kutsal bir amaç uğruna değil aksine tesadüfler sonucu ortaya çıktığı yönünde iddialar ortaya atılıyordu. Bilimin ilerlemesiyle de bu tesadüflerin daha anlaşılır olacağına inanılıyordu. Ancak 20. ve 21. yüzyıllarda özellikle fizik, kimya ve biyoloji gibi temel alanlarda ortaya çıkan pek çok veri, gerek evrenin, gerekse yaşamın kendiliğinden oluşamayacak kadar kompleks bir yapıya sahip olduğunu ortaya koyarak pek çok bilim insanının evren ve canlılık için olmazsa olmaz nitelikteki mükemmelliklere dikkat çektikleri ve bir Yaratıcının olmasının zorunlu olduğuna kanaat getirdikleri görüldü.
Bununla birlikte zannedilenin aksine hak dinler, tarih boyunca bilimin ilerlemesine çok büyük katkılar sağlamışlardır. Bu konuda tarihsel bir örneğe dikkat çekmekte fayda var. Bilim tarihçisi Joseph Needham, Çin’de teknolojik gelişime rağmen tarih boyunca Batı’daki gibi bir bilimsel çabanın olmamasını, doğada değişmez yasaların varlığına duyulan şüphe ile ilişkilendirmektedir. Dahası var olsalar da, bu yasaların öğrenilebilir olmasını garanti edecek bir Güç yani Tanrı da yoktur. Needham’a göre yasaların varlığı, değişmezliği ve anlaşılabilirliğine yönelik bir inancın olmaması Çin’de teknolojik gelişmelerin modern anlamda bilime evrilmesini engellemiştir.
Yine özellikle Kur’anı Kerim’in insanları evrendeki delillere tanık olmaya davet eden, yere, göğe, güneş, dünya ve ayın hareketlerine, yıldızlara, yağan yağmura, gece ve gündüzün oluşumuna, denizlere, dağlara, insan başta olmak üzere diğer canlıların yaratılışına vurgu yapan ayetleri dikkate alındığında kutsal metinler açısından da din ile bilim arasında bir çatışma ya da çelişki olduğunu iddia etmek gerçeği yansıtmamaktadır.